Temperatura to jeden z podstawowych parametrów fizycznych wody morskiej. Często jest ona wykorzystywana do obserwacji różnorodnych zjawisk (np. upwellingi) zachodzących w danym akwenie.
W zależności od metody wyznaczenia i praktycznego zastosowania wartości temperatury wyróżnia się kilka rodzajów, a co za tym idzie również i metod,  wyznaczania tego parametru. W systemie SatBałtyk prezentowana jest temperatura powierzchni morza oraz temperatura wody morskiej. Pierwsza z nich mówi o wartości parametru dla cienkiej warstwy na powierzchni wody, druga zaś zawiera informację również o wartościach na różnych głębokościach morza.

Interesujące zjawiska widoczne na mapach temperatury

Upwelling przybrzeżny to prąd podnoszący głęboką wodę na powierzchnię; takie zdarzenia występują w niektórych regionach Bałtyku. Mapy satelitarne południowych wybrzeży Bałtyku często pokazują obszary z chłodniejszymi wodami powierzchniowymi, efekt upwellingu. Dzieje się tak, gdy wody z głębszych warstw, zwykle chłodniejszych, są wynoszone na powierzchnię pod wpływem prądu generowanego przez wiatry wiejące równolegle do linii brzegowej. Zimą temperatura wód upwellingowych może być wyższa niż na powierzchni, więc mapy temperatur pokażą ten obszar jako cieplejszy.

Front termiczny to strefa przejściowa oddzielająca masy wody o różnych temperaturach; gradient temperatury na takim froncie jest zatem stromy. Fronty termiczne na Bałtyku mają zmienną wielkość i są stabilne w czasie. Tworzą się zwykle na granicach basenów o różnych głębokościach (całorocznych lub sezonowych), na terenach upwellingu (krótkookresowego, ale o czasowo stabilnym położeniu), w obrębie frontu hydrologicznego, ograniczającego rozprzestrzenianie się wód napływających z rzek (krótkotrwałe, z częstymi zmianami pozycji), wokół wirów itp. Wody po obu stronach frontu często różnią się nie tylko temperaturą, ale także innymi cechami fizykochemicznymi, takimi jak zasolenie, przezroczystość i inne właściwości optyczne.

Wiry mezoskalowe to zaburzenia w polu prądowym wynikające z anomalii temperatury, zasolenia i poziomu morza w skali przestrzennej od 10 do 100 km i czasie trwania od kilku dni do miesiąca. Lokalne struktury o wymiarach mniejszych niż 10 km określa się jako wiry submezoskalowe. Różnej wielkości wiry w Bałtyku są często widoczne na satelitarnych obrazach radiometrycznych (np. w rozkładach SST, poziomach chlorofilu a itp.) oraz na obrazach radarowych jako zaburzenia powierzchni morza.